사용하시는 백신을 확인하여 보세요. 백신의 Log 기록에 지웠거나, 백신의 방역공간에 보관되어 있을 수 있습니다. 백신 문제 때문이라면 백신에 따라 검색을 하지않도록 설정하는 방법이 있을 것입니다. tex 소스가 있는 디렉토리라, .tex, .pdf, 등 컴파일에서 발생되는 부수화일들을 백신에서 검색하지 않도록 하여 두시는 방법이 있을 것입니다. PDF화일에 악성코드를 붙여서 움직일 수 있으므로, 엉터리 백신인 경우 TeX의 활동을 걸러냈을 수도 있다고 생각합니다.
사용하시는 백신을 확인하여 보세요. 백신의 Log 기록에 지웠거나, 백신의 방역공간에 보관되어 있을 수 있습니다. 백신 문제 때문이라면 백신에 따라 검색을 하지않도록 설정하는 방법이 있을 것입니다. tex 소스가 있는 디렉토리라, .tex, .pdf, 등 컴파일에서 발생되는 부수화일들을 백신에서 검색하지 않도록 하여 두시는 방법이 있을 것입니다. PDF화일에 악성코드를 붙여서 움직일 수 있으므로, 엉터리 백신인 경우 TeX의 활동을 걸러냈을 수도 있다고 생각합니다.
혹은 작년에 있었던 MS Windows 10에서 업데이트후 Document folder가 사라지는 Bug일 수도 있다는 생각이 들었습니다.
https://www.google.com/search?q=windows+10+문서+사라짐 가 참고가 되시기를 바랍니다.