방법 중 하나는 \includeonly를 사용하는 것입니다.
lshort-ko에서 \includeonly를 검색하여 "큰 규모의 글쓰기" 부분을 보면, 간략한 개념 설명이 있습니다.

%% 파일의 구성
% mainfile.tex
% ch01.tex
...
% ch05.tex

이렇게 구성한 다음, 
\includeonly로 컴파일할 부속파일만 고를 수 있습니다.
ch01부터 차례로 컴파일하면,
ch02의 챕터번호나, 페이지 등이 그대로 유지됩니다.

\documentclass{blablabla}

< 추가 내용 >

% 이 부분에서 컴파일할 파일을 선택함.
\includeonly{
%ch01,
%ch02,
ch03,
%ch04,
%chi05,
}

\begin{document}

\talbeofcontents*
등 추가 내용

\include{ch01}
\include{ch02}
\include{ch03}
\include{ch03}
\include{ch05}

<... 추가 내용 >

\end{document}