mdframed의 버그인 것 같습니다. 저자에게 리포트하는 것이 좋겠구요.

문제의 기원은 marginpar가 float라는 데 있는 것 같지만 정확한 원인을 찾아보진 못하였습니다.

급한대로 non-float marginpar를 쓰면 어찌 해결될 것 같아서, 비슷한 역할을 하는 marginnote를 써보니 되는 것 같네요.

즉, \usepackage{marginnote}하고 \marginpar 대신 \marginnote를 써보는 것입니다.