eps 파일을 무슨 뷰어로 열어보셨는지요? 혹시 고스트뷰인지요? 그러면 [Media]-[Rotate Media]에 체크해보시지요. 

어쨌거나 저의 경우 pdftops로 변환한 eps 그래픽은 아무 이상 없이 삽입됩니다. 

> pdftops -eps Orijin.pdf

> pdftops -eps Powerpoint.pdf

jjap3 클래스가 없어서 article 클래스로 테스트했습니다. 

\documentclass{article}

\usepackage{graphicx}

\begin{document}

\begin{figure}

\centering{%

\fbox{\includegraphics[width=10cm]{Powerpoint.eps}}

}

\caption{Powerpoint}\label{fig:Powerpoint}

\end{figure}

\begin{figure}

\centering{%

\fbox{\includegraphics[width=10cm]{Orijin.eps}}

}

\caption{Orijin}\label{fig:Orijin}

\end{figure}

\end{document}