\marginpar 명령 다음 mdframed 환경이 split 되지 않는 문제가 최근 해결되었습니다. 

mdframed 패키지를 업데이트하시면 됩니다. (최신 버전은 v 1.4)

그리고 Hoze 님의 버그 리포팅으로 frametitle과 관련된 문제, 앞 문단과 skipabove 옵션 따위와 관련된 문제도 해결되었습니다. (매뉴얼 18쪽, revision history에 보면 나옵니다.)