삭제하고 다시 설치를 한 뒤에 업데이트를 하니까 정상적으로 작동합니다.

아마도

tlmgr install scheme-full collection-kotex

을 실행할때, 설치파일이 너무 많아서 도중에 전원을 끊어버린것이 문제인듯하네요 ^^