지금 상태로는 작업이 매우 힘드시겠습니다. 가장 좋은 방법은 텍을 사용하여 논문 제출을 해보신 분께 직접 도움을 청하는 것으로 판단됩니다. 간단히 위의 질문에 대한 답변을 드립니다. 물리학회 패키지 등을 설치하여 실험을 해보지는 못하고 보이는 대로만의 답변이니 양해 바랍니다.

1.  "Undefined control sequence"
   오류 메시지 그대로 정의되지 않은 control sequence가 사용된 경우입니다. "컨트럴 시퀀스"는 "명령"이라고 보시면 됩니다. 계속 오류 메시지를 살펴보면 "l.42 \maketitlekorean"이라고 나옵니다. 42행에 사용된 명령이 문제가 있군요. 첨부하신 sample.tex를 보면, revtex4라는 문서 클래스를 이용합니다. 이 클래스가 물리학계에서 널리 쓰이는 클래스라고 알고 있습니다. 이 클래스는 "영어권"을 위해 만들어졌을 터이니 \maketitlekorean이라는 명령을 정의하고 있지는 않으리라 짐작됩니다. 아마도 한국물리학회의 kpstex2가 제대로 사용되지 않았을 것으로 판단됩니다.
2. 패키지 설치
   정확히 알고 계십니다. 다만 그 패키지가 현재 작성 중인 문서에만 적용되는 것이라면 현재 문서 디렉토리에 함께 두어도 동작합니다. 여러 문서에 공통적으로 사용할 경우 제대로 설치하는 것이 좋겠죠. 설치는 사용자 홈디렉토리에 texmf 디렉토리를 만들고 그 아래 tds 구조로 넣는 것이 좋은 방법입니다. ko.TeX Live의 모체인 TeX Live에는 널리 쓰이는 패키지가 웬만하면 다 포함되어 있지만, 라이선스 등의 문제나 특정 기관에서 특별히 제공하는 패키지라면 이렇게 설치하여 사용해야 합니다.
3. 한글 패키지 이용
   샘플 파일에는 한글 패키지를 불러들이는 곳이 없으므로 기본적으로 한글 식자가 안 됩니다. kpstex2에서 한글 패키지를 불러들이도록 만들어져 있지 않을까 짐작해 봅니다.
4. 일단 그림이나 표 등이 추가되기 전에 기본적으로 문서가 컴파일되는 상태에서 시작하여야 하겠죠.