문외한입니다만 현재로는 불가능할 것 같다고 생각합니다. 위에서 호제님께서 뷰어 문제라고 말씀하시는 것은 

1. pdf 파일을 만드는데서는 현재 방법을 쓸 수 밖에 없고 각주 번호도 위치가 다 다를 수 밖에 없는데,

2. 위 어떤이님의 링크처럼 pdf를 여러 layer로 만들어서 용도에 맞게 쓰는 것은 아직 안 되어 있는 것 같고

3. 예전에 ascii 파일에서처럼 "보여?준 바가"로 검색하면 "보여1준 바가"나 "보여2준 바가"를 모두 검색해 주는 식의 부울 대수와 변수를 사용한 검색이 모든(?) pdf 뷰어에서 안 된다는 것이겠지요. 

그래서 가장 빠른 길은 pdf 뷰어가 이러한 기능을 넣어주는 것이라고 보이는데요. (ascii 파일을 사용하던 20-30년 전에 이미 잘 사용하던 기능이므로...) 이런 기능도 있으면 편리하겠습니다.