TeXworks는 단순히 소스화일을 작성하는 편집기 역할과 이를 TeX 엔진으로 넘겨주고 결과를 받아서 PDF화일을 화면에 보여주는 역할만을 수행하지, 수식의 조판에 관여하는 바는 없다고 들었습니다. 폰트셋팅도 TeXworks는 알 바가 아닐 것입니다. 단순히 작성하신 소스를 엔진으로 넘겨주기만 하기 때문이겠지요.  그러므로, 다른 곳에서 원인을 찾아 보시는 편이 좋으실 듯합니다. 

좀더 정확히는 소스를 올려봐 주시는 편이 좋으실 듯 합니다.