예상대로 hyperref 패키지 때문이었습니다. "Dionne and Doherty(1994)" 같은 부분은 hyperref 패키지에 의해 링크가 삽입되는데, hyperref 패키지는 옵션에 따라 그 역할이 많이 다릅니다. 유독 dvips 옵션을 준 경우가 특이한데... 링크가 삽입되는 부분에서 줄바꿈을 할 수 없습니다. 이것은 ps->pdf 변환에서 사용하는 기술이 가장 오래된 낡은 것이기 때문입니다.

"해결 방법은 없느냐"라고 물으신다면... 텍 세상이 공식적으로 5-6년 전에 포기한 "dvips"를 이제 고이 보내드리라는 말씀 밖에는...