WinEdt에서 texify를 실행할 때 clean build 옵션을 주고 있을 겁니다.

그런데 그러면 .aux 파일을 삭제해버리기 때문에 다시 컴파일해도 마찬가지 일이 일어나겠죠.

texify를 쓰지 마시고 pdflatex을 서너 번, 그래도 안 되면 대여섯 번 실행하십시오.

texify를 반드시 써야 한다면 clean build를 check off한 다음에 두 번 이상 실행하십시오.

모든 작업이 다 끝나서 최종판을 만들 때가 아니라면 .aux 같은 부수 파일을 지우지 않는 것이 좋습니다.

(에러 처리 등을 위하여 강제로 삭제해야 하는 경우는 예외입니다.)