샘처럼님 말씀하신 대로 pdfcrop 사용을 추천합니다.

#>pdfcrop defxyz.pdf defxyz_cropped.pdf

\includegraphics{defxyz_cropped} 또는 (제가 선호하는 방식인데) \includegraphics[scale=0.5]{defxyz_cropped}