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다들 설명하기 귀찮아 하시는 듯합니다. 질문보다 답변이 훨씬 길어질 가능성이 높군요.


(1) thebibliography 환경


이것은 문서 내에서 문헌목록을 나열하는 환경입니다. 문서 안에 직접 쓴다면 다음과 같은 형태가 됩니다.


\begin{thebibliography}{00}

\bibitem{key} ...

...

\end{thebibliography}


(2) BibTeX


그런데 위와 같은 방식으로 직접 문헌목록을 적어넣게 되면 정렬 순서를 직접 조절해야 하고 cite 방식(예를 들면 author-year)에 따른 옵션 커맨드들을 직접 다 적어넣어야 합니다. 

복잡한 문헌목록을 관리하는 도구가 BibTeX입니다. 이것은 .bib 확장자를 갖는 문헌목록 데이터베이스에서 본문에 인용(cite)되거나 인용되지 않은(nocite) 항목의 문헌 정보를 모아서 정렬하고 마크를 붙여서 thebibliography 환경으로 만들어주는 일을 합니다. 문헌 목록을 일관되게 관리할 수 있다는 중요한 장점이 있습니다.


이 때는 


\bibliographystyle{plain}

\bibliography{filename}


과 같은 방식으로 코딩하고 한 번 컴파일한 후에 BibTeX을 실행하고 다시 컴파일하여야 합니다. thebibliography 환경은 BibTeX의 처리 결과로 문서에 포함되므로 사용자가 직접 \begin{thebibliography}하면 안 됩니다.


bibliographystyle은 문헌 목록과 인용방식에 따라서 여러 가지가 있을 수 있습니다. 이것은 .bst라는 확장자를 가지는 파일과 연결되어 있으며 경우에 따라 인용 지원 패키지(예: natbib)와도 결부되어 있습니다.


(3) BibLaTeX과 Biber


최근 주목받고 있는 biblatex이라는 패키지와 biber라는 유틸리티는 이전 BibTeX이 가진 한계(특히 유니코드의 처리)를 극복하기 위해 새롭게 발전하고 있는 툴입니다. biblatex은 이전의 BibTeX도 백엔드 유틸리티로 지정할 수 있습니다. (한글 문서라면 Biber가 더 낫다고 생각합니다)


이것은 또 전통적인 BibTeX 사용방식과는 다르므로 만약 이 방식을 원하신다면 관련 문헌을 참고하시기 바랍니다.


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지금 질문에서 답변하기 난감한 이유는 thebibliography를 직접 쓰려는 건지 아니면 bibTeX을 쓰려는 건지 명확하지 않기 때문입니다.


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