소스가 없어서 장님 문고리잡기 식 추측성 답변이 될 수밖에 없겠지만,

의심가는 것은

\counterwithin{figure}{subsection}% 부록 안에 내용은 subsection 단계

\counterwithin{table}{subsection}

이 부분입니다. 그 이후로 계속 영향을 미친 듯하네요.

부록이 끝나는 지점에서 이것을 원래대로 돌려놓으시는 것이 좋겠군요.

\counterwithout{figure}{subsection}

\counterwithout{table}{subsection}

\counterwithin{figure}{chapter}

\counterwithin{table}{chapter}

웬만큼 커뮤니케이션이 될만한 샘플이 아쉽습니다.