microtype때문이라면 lualatex을 택하는 것도 좋다고 생각합니다. pdflatex에서는 되고 xelatex에서는 안되는게 lualatex에서는 되는 경우가 종종있습니다. 다만 컴파일 속도가 상당히 느립니다.

그런 면에서 xelatex이 제일 무난하다고 생각합니다. 자간 간격이 가끔 불안정한것 빼고는 다 괜찮습니다.