시도해 보았는데 잘 되지 않네요. 

Program Files (86) 아래에 설치하길래 설치 경로가 잘못된 것이 원인인가 했으나 그것만이 문제인 것 같지 않습니다.

MTeX 플러그인이 오래 전에 만들어진 것이라 최신 버전의 EmEditor와 맞지 않는 것 같습니다.

EmEditor에 문의하는 것이 좋겠습니다.