질문 내용이 뭔지 잘 이해가 안 갑니다.

tex화일 자체가 깨졌다는 것입니까?

컴파일 실패는 자주 있지만 tex화일 원문이 깨진 경우는 처음 들어보는 사례입니다.

참고: index 기능은 복잡하고 시스템을 민감하게 건드립니다.

제가 경험하기로는 옛날 pdflatex으로 컴파일할 때 euc코드와 hangul 패키지 환경과 book.cls에서는

makeindex를 지원했었습니다.(komkindex는 쓰지 않았었습니다;)

그런데 다른 환경에서 제대로 돌아갈지는 모르겠습니다.