MnSymbol은 math font 거의 전부를 바꿉니다. fontspec이 math font를 외면하도록 하십시오. kotex 로딩 이전에 해야 합니다.

\usepackage[no-math]{fontspec}

\usepackage{kotex}

\usepackage{MnSymbol}

XeLaTeX에서는 MnSymbol을 바로 usepackage하지 말고

\usepackage[MnSymbol]{mathspec}

이렇게 하는 것이 나을 수도 있다고 합니다. 이 때는 [no-math]를 주지 않아도 알아서 잘 합니다만, 제시하신 preamble에서 패키지 로딩 순서는 다음과 같이 해야 할 것 같습니다. 순서가 다르면 에러가 나올 수 있습니다.

\usepackage{mathtools}

\usepackage{amssymb}  %% amsmath와 amssymb는 mathspec 이전

\usepackage[MnSymbol]{mathspec}  %% kotex 이전

\usepackage{kotex}