저는 AsciiDoc에 약간의 경험이 있습니다.  스핑크스가 rst 파일에서 tex을 생성하는 과정 중 어딘가에서 후킹이 가능할 것이고, sphinxmanual.cls 대신 다른 클래스를 사용하는 것도 가능하리라 짐작합니다. 스핑크스 클래스를 쓰는 것을 전제로 제기하신 문제들에 대해 답을 얻기가 쉽지 않을 것입니다. 그리고 생성된 텍 파일을 직접 손보는 것이 원하는 방법도 아닐 것입니다. 왜냐하면 rst 파일을 수정하여 텍 파일을 생성할 때마다 그 텍 파일을 손봐야 할 테니까요. 가장 이상적인방법은 본인만의 클래스 파일을 만들거나 스타일 파일을 만들어 삽입하는 것입니다.

아무튼 이러한 시도를 하려면 텍에 대해 좀 아셔야 합니다. 사용하시는 reStructuredText와 달리 텍은 heavyweight markup 언어입니다. 

둘째와 세째 질문은 어떤 클래스와 패키지를 사용하느냐에 따라 쉬울 수도 어려울 수도 있습니다. 그러니 텍을 먼저 익혀보시길 권합니다.