여러 가지 방법이 있겠으나 하나의 방법은 protected 원시명령을 이용하는 겁니다.

(par도 확장될 수 있으니 noexpand 해 주는 것이 좋을 듯 합니다.)

\protected\def\setaffilfont{\sffamily\itshape\fontsize{8pt}{8pt}\selectfont}
\newcommand{\affiliation}[2][\empty]{\refstepcounter{affil}%
  \ifx#1\empty
    \xdef\affilinfo{\affilinfo #2\noexpand\par}%
  \else
    \label{author:#1}%
    \xdef\affilinfo{\affilinfo
      \mbox{\setaffilfont\raise0.6ex\hbox{\theaffil}}#2\noexpand\par}%
  \fi
}