방법을 찾았습니다.

그냥 \AtEndDocument로는 동작하지 않고, atveryend라는 패키지가 제공하는 AtVeryEndDocument 명령을 사용하니 잘 됩니다.

\usepackage{atveryend}

\AtVeryEndDocument{

\luaexec{

clear_tmp_artwork()

}

}