macOS의 pdflatex환경에서 질문자님과 동일한 한글 표현은 정상이나 내부 표현이 euckr로 되어 utf8환경의 viewer에서 검색/복붙이 안되는 현상을 경험했습니다

kotex메뉴얼 (http://tug.ctan.org/language/korean/kotex-utf/doc/kotexdoc.pdf)

2.5.2 텍스트 검색과 추출 항목을 참조해서 아래 코드를 전처리부(preamable)에 추가하는것으로 해결했습니다.

\ifpdf
\input glyphtounicode
\pdfgentounicode=1
\fi

해결은 하였지만, tex내부를 이해한것이 아니라 왜 그렇게 되는지도 궁금하네요. 아시는 분들이 계시면 설명해주시면 감사하겠습니다.