longtabu를 사용할 경우 카운터를 한 번 올리는게 내장되어있습니다. 이 문제를 해결하기 위해서 다음의 코드를 preamble에 넣어주세요.
 

\makeatletter %patch for longtable numbering problem
\newif\ifLT@nocaption
\preto\longtable{\LT@nocaptiontrue}
\appto\endlongtable{%
  \ifLT@nocaption
    \addtocounter{table}{\m@ne}%
  \fi}
\preto\LT@caption{%
  \noalign{\global\LT@nocaptionfalse}}
\makeatother