최소한의 예제를 좀 올려야 다른 이들이 테스트해볼 수 있겠습니다. 

그건 그렇고 IEEEtran 클래스는 XeTeX으로 컴파일 가능한가요?
TnXTeX은 XeTeX과 LuaTeX만 사용가능할 것입니다.