제가 알기로 드롭박스도 깃(git)처럼 이전 파일을 백업하기 때문에, 드롭박스 폴더에서 컴파일하는 것은 그다지 좋은 방법이라고 생각하지 않습니다. 부수 파일들이 없다고 해도 tex과 pdf 파일은 컴파일할 때마다 계속 갱신될 테니까요. 

컴파일을 편하게 만들어주는 방법들(이를테면 arara나 vs code 에디터의 latex workshop)이 있지만 어떤 방법을 쓰든 서로 상충되게 마련이라고 생각합니다. 예를 들어, "두 번 이상 컴파일할 필요가 있으면 알아서 해주는" 것이 대개 편하겠지만, 매크로를 만들어 시험하는 경우에는 그것이 도리어 불편합니다. (ConTeXt도 이 기능을 갖고 있었는데 요즘에는 콘텍스트를 아무도 쓰지 않는 것 같네요.)

그러니까 최소한의 불편은 피할 수 없다 여기고 각자 구미에 맞는 방법을 찾아 쓰는 게 최선일 듯합니다.