https://github.com/tabu-fixed/tabu 에서 최신 release를 내려받아 새 tabu.sty을 얻으셨다면, preamble의 패치 없이 바로 사용하셔도 문제 없는 것으로 보입니다. 

\documentclass{article}

\usepackage{tabu,booktabs}
\usepackage[table]{xcolor}

% \usepackage{etoolbox}
% \makeatletter
% \patchcmd\tabu@startpboxmeasure
  % {\aftergroup\tabu@endpboxmeasure}
  % {\aftergroup\tabu@endpboxmeasure
   % \color@begingroup
  % }{\typeout{tabu patched}}{\typeout{tabu patch failed!}}
% \patchcmd\tabu@LT@startpbox
  % {\bgroup}{\bgroup\color@begingroup}
  % {\typeout{tabu patched}}{\typeout{tabu patch failed!}} 
% \makeatother
 
\begin{document}
 
\setlength\tabulinesep{5pt}
\taburulecolor{blue}
\tabulinestyle{1pt blue}
\taburowcolors{blue!25..blue!5}
\begin{center}
    \begin{tabu}{X X}
        \toprule
        \taburowcolors[1]3{red..blue}
        Row1 & 1 \\
        Row2 & 2 \\
        Row3 & 3 \\
        \bottomrule
    \end{tabu}
\end{center}
\end{document}