Linux에서라면 당연히 문제가 있을 리가 없고, Mac에서 homebrew로 gnuplot을 설치하였다면 역시 문제가 되지 않을 것이므로 아마도 Windows를 쓰시나 봅니다.

아래 소개된 링크에서 인스톨러를 가지고 설치할 때, 위키 페이지에 강조하고 있는 바와 같이 "path에 추가"를 제대로 하셨다면 --shell-escape 옵션을 주는 것만으로 제대로 되어야 하는 게 정상입니다.

매번 일일이 gnuplot을 따로 실행하는 건 뭔가 아닌 듯한데요.