첨부된 heiro.tex은 문제없이 컴파일되는 것이라서 아무 도움도 안 되고요, 본문 중에 보인 샘플 코드는 없는 부수파일이 많아서 어찌해볼 도리가 없네요. unfonts.tex이라든가 b6geo.tex이라든가 혼자만 쓰는 파일을 보여주지 않으면 테스트해볼 수가 없습니다. 테스트해보고 답변을 할 사람은 TeX Live의 기본 파일밖에 가지고 있지 않다고 상정하고 즉시 컴파일하여 문제를 발견할 수 있도록 하는 예제를 첨부하시는 것이 좋지 않겠습니까?

이런 상황에서 제가 드릴 수 있는 조언은 xetexko와 hangul-amsbook을 preamble의 제일 처음 위치로 옮겨보시라는 겁니다.

\documentclass[twoside,10pt]{amsbook}
\usepackage{xetexko}
\input{hangul-amsbook}
\usepackage{mathrsfs,verbatim}
...