네, neovim은 기본적으로 ~/.config/nvim/init.vim을 사용합니다. 다만 ~/.vimrc에다가 설정을 하여도 됩니다.

권장사항은 ~/.config/nvim/init.vim을 쓰는 것이니, mkdir -p ~/.config/nvim을 한 후, mv ~/.vimrc ~/.config/nvim/init.vim 과 비슷한 방법으로 옮기시면 됩니다.