noname님이 말씀하신 대로 \usepackage{bidi}와  \usepackage{xetexko}를 가장 뒤에 두세요. xetexko가 맨 뒤에 있어야 합니다.

\usepackage{bidi}
\usepackage{xetexko}

결국 이 문제는 bidi가 야기하는 것으로 보이네요.