제가 이해하기로는 mls를 사용하는 경우 \newfontfamily\mlsfont{...} 이와 같은 설정은 유효하지 않습니다. mls는 xelatex에 의해 무난하게 컴파일되지만 그것이 fontspec과 호환되는 것은 아닙니다. mls는 특정 인코딩과 폰트를 사용합니다. 그래서 항상 같은 폰트로 나올 수밖에 없습니다. 

mls를 사용한 것과 비교했을 때 폰트가 너무 달라 보이지만 manchuxetex 매뉴얼을 보면 Noto Sans Mongolian 폰트는 Daicing Round와 흡사합니다. 제 짐작에는 그냥 폰트가 다르기 때문이고 둘 다 제대로 나온 게 아닐까 싶습니다.