디폴트 tt 폰트는 한글이 포함되어 있지 않겠지요. 그러면 디폴트 한글 tt 폰트가 사용되는데, 두 폰트의 글자 폭들이 다르니 정렬되지 않는 겁니다. 해법은, D2Coding이나 Noto Sans Mono CJK KR 같은 한글이 포함된 모노스페이스 폰트를 사용하는 겁니다. 루아텍을 사용하신다고 하니 \setmonofont{...}만 설정해도 충분하지 않을까 합니다.  

저는 (D2Coding은 폭이 덜 일정한 것 같아서) \setmonofont[Noto Sans Mono CJK KR}[Scale=0.95] 이렇게 사용합니다.

저 폰트의 글꼴이 썩 마음에 드는 것은 아니지만 한글이 포함된 모노스페이스 폰트가 흔하지 않아서 선택의 여지가 별로 없는 것 같습니다.