가장 간단한 방법은 .otf를 .ttf로 바꾸어 윈도우스에 넣거나, 반대로 .ttf를 .otf로 바꾸어 맥에 넣어 하나로 통일 하면 됩니다. 제 생각에 KoPubDotum_Pro Medium.otf를 ttf로 변환해서 윈도우스에 넣으시고. 

\setmainhangulfont{KoPubDotum_Pro Medium}  

하나만 쓰시면 됩니다.