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소스에 보니 grruby를 시도한 흔적이 있네요. 제 생각엔 어깨글자가 라틴 알파벳이 아니라 한자나 한글인 한, grruby가 이런 상황에서 사용하라고 만들어진 패키지라고 봅니다만, 질문글 중에 인용된 게시물의 대화를 보니 어떤 이유에선가 grruby의 사용을 꺼리는 듯하네요. 
(grruby는 사설저장소에서 ksruby 패키지를 설치하면 함께 설치됩니다. 저로서는 이걸 기피하는 이유를 잘 이해할 수 없네요.)

만약 grruby 방법을 쓰려 한다면 \pnote로 입력되어 있는 부분을 grruby 명령을 바꾸어야 하는데, 하나씩 찾아 바꾸려면 사람이 할 일이 아니고요, 이럴 때 쓰라고 regex가 있는 거니까, 제 경우 TeXShop의 찾아 바꾸기에서 다음 그림과 같이 regex replace를 적용하였습니다. 간단히 됩니다.

regex.png

그러면 소스가 다음과 같은 모양으로 됩니다.

regex_r.png

여기까지 한 다음, preamble의 다음 줄 
  \usepackage[rubystyle=rup,rubycolor=red!30!black!70,expos]{grruby}
이걸 살리고 
  \let\mypnote\grfoo
이 정도 하면 되지 않겠는가 합니다.

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한편, "한 글자씩" 개별적으로 처리하자고 하면, 대략 다음과 같은 코드를 생각할 수 있겠는데요, 

\def\pnote#1{\pnoteal #1\null}
\def\pnoteal{\futurelet\next\pnotesub}
\def\pnotesub#1{%
    \pnoteproc{#1}\ifx\next\null\relax\else
        \expandafter\pnoteal\fi
}
\def\pnoteproc#1{\textsuperscript{#1}\allowbreak}

이것은 어쩌면 첫가끝 코드를 잘 처리하지 못할지 모릅니다. 한 번 나오는 ᄀᆡ는 중괄호로 묶어주십시오. {ᄀᆡ}.

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