문제의 원인을 알아냈습니다.

글 본문중에 Python 코드가 있어서, 코드 부분을 나타내기 위해서 서두에 \usepackage{pythonhighlight}를 선언했는데, 이 패키지와 ko.TeX가 서로 문제가 있는지, 한글이 제대로 표현되지 않는 현상이 발생하는 것 같습니다.

답변주신 noname님 감사드립니다.