hangul 패키지를 썼네요.

http://faq.ktug.or.kr/faq/WhatsUpToDate#s-4

에서 처럼 notepad나 기타 편집기로 파일을 열어서 맨 첫 줄에 다음과 같이 써주면 될 것 같습니다.

% !TEX encoding = system

학회에 제출할 때 무슨 문제가 생길지는 모르겠습니다. (고수님들 부탁드려요~ ^^)