현재 구결 예문은 아래아한글을 제외하면 사실상 입출력할 수 있는 방법이 없는 것 같습니다. 일단 이 문자들은 비표준이고 유니코드에도 포함되어 있지 않으므로 한양 PUA의 구결 코드 영역 [U+F67E]~[U+F77C]을 이용하는 도리밖에 없다고 합니다. ("문자표" 프로그램과 폰트를 이용하여 다른 워드에서도 어떻게든 할 수 있을 것 같기도 합니다만 무척 불편할 듯합니다.)

아래아한글은 제가 쓰지 않아서 잘 모르지만, 결국 Ctrl-F10으로 열리는 입력문자표를 이용하는 것이 아닐까 짐작합니다.

LaTeX에서 구결을 어떻게 해볼려면, 

(1) 폰트가 필요합니다. 
(2) 입력 방식을 마련해야 합니다.

첨부파일은 이 문제에 대하여 시도해본 것입니다. 들어 있는 폰트는 한양에서 구결 PUA 부분만 추려낸 것으로, 이 게시물 이외의 어떤 곳에도 배포/재배포할 수 없으며 오직 테스트/연구 목적으로만 활용하시기 바랍니다.

제가 어떤 개념으로 이 문제에 접근하였는지는 예시 문서를 보시면 금방 아실 수 있을 것입니다. 구결 문장을 입력해야 하는 것은 결국 고전 한문 문장을 재현하는 것일 수밖에 없으니 되도록 용이하게, 적어도 문자표에서 하나씩 찍어 입력하는 것보다는 낫게 했으면 좋겠는데 뭔가 썩 만족스럽지 않습니다. 기발한 아이디어나 의견을 제시해주십시오.