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Ubuntu를 써본 적이 없어서 잘 모르겠지만 다음 페이지대로 설치하셨나요?
http://faq.ktug.or.kr/faq/Ubuntu%BF%A1%BC%ADTeX%C7%CF%B1%E2
http://www.ktug.or.kr/xe/index.php?document_srl=82545 (이런 내용도 있습니다.)
원래의 TeXLive가 적어도 2012 시스템이 되어야 kotex이 제대로 작동할 듯싶고,
우분투 안에도 오래된 kotex이 있다고 하니 이것을 제대로 replace해야 할듯하네요.
우분투 써 보신 고수께서 제대로 알려주시는 것이 가장 좋을듯합니다.
(텍을 설치하면 우선 기본 파일인 "Hellow World + 한글아 안녕" 정도가 돌아가는가를
확인하시고 이것이 안 되면 TeX이 제대로 안 깔렸다고 보셔야 할 것 같습니다.
참고로 kotex을 깔았는데 kotex.sty가 없다고 나오면 PATH가 안 듣든지 무슨 이유에서건
파일을 못 찾는 것이지 kotex.sty 파일을 다시 가져다 넣으면 되는 것이 아닐겁니다.
kotex.sty는 부수적으로 많은 다른 파일을 부르는 것이어서 그거 하나만 넣으면 끝나는
것이 아닙니다.)