현재 작업 환경은
\documentclass{amsbook}
\usepackage{fontspec}
\usepackage{xetexko}
\usepackage{xunicode,xltxtra}
\setmainfont{Times New Roman}
\setmainhangulfont{UnShinmun}[AutoFakeBold,AutoFakeSlant]
이고, 낱말 찾기는
texindy를 이용하여
komkindex -s kotex %.idx
로 실행했습니다.
그 결과 <낱말 찾기>에서 마지막 붉은 색 `히포크라테스의 달'을 보면
그리스 문자가 깨져 나옵니다.
그러나 본문에서는 깨지는 현상이 없습니다.
물론 <그리스 폰트>는 설정하지 않았습니다.

왜 이런 현상이 발생하는 것인지, 오늘 우연히 발견한 현상입니다.
다른 문자들은 모두 제대로 표현이 되고 있는데 알 수 없습니다.

물론 amsbook 한글화 작업은 성공적입니다. tex 파일은 필요할 지 몰라 첨부합니다.