추상적으로 답할 수밖에 없겠습니다.

iconv를 이용하십시오. 이를테면 터미널에서 다음 명령을 내리면

for F in euc.*; do iconv -f cp949 -t utf8 $F > u8_$F; done

현재 디렉토리의 cp949 인코딩의 euc.* 파일들이 utf-8 인코딩의 u8_euc.* 파일들로 변환되어 저장됩니다.