tabular 안에 주석을 달 때 표 바로  아래주석이 나타나게 꼼수로 흔히 minipage를 사용하는데요. 이 방법이 tabu에는 통하지 않습니다.

\documentclass{article} 

\usepackage{tabu}

\begin{document} 

\begin{minipage}{\linewidth}

\begin{tabular}{ll}\hline

 XXX & YYY\footnote{zzz} \\

 \hline\end{tabular}

\end{minipage}

\begin{minipage}{\linewidth}

\begin{tabu}{XX}\hline

 XXX & YYY\footnote{zzz} \\

 \hline\end{tabu}

\end{minipage}

\end{document} 

달리 해법을 찾지 못한다면  tabu 저자에게 보고할까 생각하고 있습니다.

일단은 \footnotemark와 \footnotetext를 써서 해결했습니다.