\Subsection 문서명령의 인자형이 s O{} s로 주어져 있습니다. 그런데 body의 명령 사용을 보면

\Subsection{Subsection head}

이렇게 되어 있는데 인자가 중괄호로 주어졌으니까 위의 인자형의 어디에도 해당하지 않습니다. 당연히 모양이 바뀌거나 할 일도 없을 수밖에요.

현재 명령 정의에 충실하게 사용하려면 의도대로 브래킷을 써서

\Subsection[Subsection head]

이렇게 하거나 아니면 문서명령의 옵션형에 mandatory를 하나 주는 것이 좋겠습니다.

\NewDocumentCommand \Subsection{ s m s }

정의를 보니 어차피 두 번째 인자는 NoValue 체크를 하지 않고 tl_if_blank 검사를 하고 있더군요. 그러니까 m이라도 검사 방법을 바꾸지 않아도 되지 않을까 싶습니다.