아이디아를 하나 드린다면, 이를테면 \myudotnthchar라는 명령을 하나 만들어서,

\myudoentchar{kitai-naru}[9,10]

이렇게 명령하면 옵션 인자로 들어온 9번째, 10번째 글자에 대하여 \UnderDot 명령이 실행되도록, 즉

k i t a i - n a \UnderDot{r} \UnderDot{u}

와 같이 입력스트림이 만들어지도록 하면 간단하지 않겠습니까?

욕심을 부리자면 2-5처럼 범위를 지정하면 2,3,4,5에 대해 다 적용되게 한다든지 아니면 뒤에서부터 세게 한다든지 여러 바리에이션이 있겠죠.

\UnderDot 명령 자체는 제가 보여드린 대로

\newcommand*\UnderDot[1]{#1\symbol{"0323}}

아니면 yihoze 님의 제안을 적용하여 

% \usepackage{stackengine}
\newcommand*\UnderDot[1]{\stackunder{#1}{.}}

이 정도로만 해도 원하는 것과 비슷한 결과를 얻을 수 있겠습니다.