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latex으로 제작한 pdf는 (거의) 모든 폰트를 부분(서브세트) 임베딩합니다. (특별한 조작을 가하지 않았을 때) 텍스트 부분에서 폰트 문제가 생겨날 가능성은 거의 없다고 봅니다. (한 가지 예외는 bitmapped 폰트지만, 이 경우 해상도가 낮아서 흉하게 보일 수는 있어도 rendering이 되지 않는 경우는 없다고 봅니다.)

문제가 생길 수 있는 것은 포함한 그림에서인데, (E)PS 그림이, 설치되지 않은 폰트를 참조할 때에 이런 일이 벌어질 수 있습니다. 이 경우 tex이 어떻게 해볼 방법은 없는 것 같고요, 저자에게 모든 (E)PS 그림을 폰트-임베딩하여 다시 제작해달라고 요청하는 수밖에 없습니다. 모든 (E)PS 그림을 일러스트레이터로 열어서 EPS Options의 version을 Illustrator CC EPS로 하여 저장하면 어찌어찌 될지도 모릅니다. 차라리 모든 그림을 PNG 포맷으로 변환하여 인클루드해달라고 요청하는 것이 나을 수도 있습니다.
(여러 가지 이유에서 EPS 포맷의 그림보다는 되도록 PDF/PNG/JPG로 다루면 사고를 줄일 수 있습니다.)

아무튼 어떤 폰트에서 문제가 발생하는 것인지 확인하십시오. Acrobat의 문서 속성 정보와 폰트 정보 정도는 보여주고 질문하셔야 하지 않았을까 싶습니다.

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