mdframed도 minipage와 마찬가지로 각주가 페이지 하단에 나타나지 않고

1. mdframed 환경 내부의 텍스트가 끝난 다음에 (footnoteinside=true 옵션이며 default값)
2. 또는 mdframed 환경이 끝난 다음에 (footnoteinside=false 옵션)

나타납니다. 

따라서 예전부터 잘 알려진 대로 minipage나 박스에서 페이지 하단에 각주가 표시되도록 하는, 각주번호(\footnotemark)와 각주내용(\footnotetext)을 입력하는 trick을 쓰면 되겠습니다. 

\begin{mdframed}

블라블라... 블라블라\footnotemark

\end{mdframed}

\footnotetext{이것은 각주}