\obeylines 같은 명령은 \begin{document} 이후에 써야할 것 같습니다.

article 따위에서 문제없어 보이는 것은 \obeylines 이후에 아무런 패키지도 로드하지 않았기 때문입니다. 이 후에 \usepackage를 쓴다면 비슷한 일이 일어날 것입니다.