인자를 다음과 같이 고쳐서 안될리 없었습니다. --;

$pdflatex=q/xelatex $synctexoption %O %S/

(잘 모르지만 문서가 조금이라도 편집되어야 compile이 되도록 설계한 것 같습니다. 스페이스바 누르고 백스페이스바 누르는 식으로 편집을 한 것은 편집이 안된 것으로 보고 있는 것 같습니다. latexmk를 실행하면 컴파일이 안됐거든요.)

아무튼 필요하면 xelatex+makeindex+bibtex+xelatex+xelatex으로까지 컴파일 시켜주니까 편하네요.

다들 한번 써보세요~