한 가지 방법은 startProblems 명령을

  \newcommand{\startProblems}{%
    \begin{exercises}
    \let\input\@@input
    \expandafter\@startProblemsi
  }

이렇게 고치고, input 명령을 사용할 때 brace 없이 사용하는 것입니다.

\startProblems
\input anotherfile.tex
\stopProblems