수식에는 수식 글꼴을 쓰는 것이 좋지 않겠는가 하는 것입니다. Minion Pro는 애당초 수식 글꼴이 아니므로 본문 Minion Pro로 하는 경우에 이와 어울리는 유니코드 수식 글꼴을 찾아보는 방법이 있겠습니다. 원 질문의 2번 괄호 크기 문제도 수식 글꼴이 아니라서 생기는 것입니다.
좀 현실적인 대안은 매크로를 쓰는 것입니다. 예컨대 \def\f{f\ifmmode \mskip 4mu\fi} 로 해두고 f(x) 같은 것을 \f(x)로 쓰는 방법입니다.
만약 수많은 수식이 이미 입력되어 있어서 찾아서 바꾸기도 불가능한 상황이라면... 폰트를 하나 새로 만드는 것이 어떤가요? Minion Pro의 italic "f" 문자 하나만 떼어내서 width값을 바꾸고 ttf로 저장한 다음 f 문자에 대해서 이 새로 만든 폰트를 적용하게 하는 방법입니다. 배포라든가 폰트저작권이라든가 걸리는 게 많기는 합니다만 개인적인 용도라면 해볼 수 있겠지요.
제 생각은 이렇습니다.