sphinx가 뭔지는 모르나 다른 프로그래밍 랭귀지로부터 latex 문서를 얻는 것이라 가정하겠습니다.

위의 올려주신 preamble로 latex 컴파일을 할 수 없습니다. 

문서 내용이 민감한 게 아니라면, 일부분만 발췌하여 최소한의 컴파일 가능한 .tex 문서를 올려주시면 컴파일해보고 알려드리겠습니다. 

아니면 완성된 pdf 파일을 일부만이라도 올려주시든지요. (한글 들어있는 부분)

참고로 위에 한글 부분 설정은 \usepackage{kotex} 부분인데요. 이를 pdflatex으로 컴파일하면 한글 글꼴로 나눔글꼴 type1을 이용하게 되는 것으로 알고 있습니다.